W roku 1968 na nowo powstałym Wydziale Mechanizacji Rolnictwa utworzona została Katedra Ciągników. Na kierownika katedry został powołany doc. dr inż. Witold Kręglewski. W 1970 roku zmieniono nazwę wydziału na Wydział Maszyn Roboczych i Pojazdów. Na tym Wydziale utworzony został Instytut Wysokoprężnych Silników Okrętowych i Kolejowych, w którym utworzony został Zakład Podstaw Konstrukcji Maszyn.

Pierwszym kierownikiem zakładu został prof. Witold Kręglewski. W 1991 r. na kierownika Zakładu Podstaw Konstrukcji Maszyn został powołany prof. dr hab. inż. Marian Dudziak. Zakład Podstaw Konstrukcji Maszyn przekształcił się w Katedrę 1 grudnia 2003 r. W 2011 r., kierownikiem Katedry został prof. dr hab. inż. Janusz Mielniczuk. W 2012 r. funkcję kierownika Katedry Podstaw Konstrukcji Maszyn objął prof. dr hab. inż. Ireneusz Malujda. 1 stycznia 2020 roku wraz ze zmianami strukturalnymi w Politechnice Poznańskiej w miejsce Katedry Podstaw Konstrukcji Maszyn powołano Instytut Konstrukcji Maszyn, którego dyrektorem do 31 sierpnia 2020 roku był prof. dr hab. inż. Ireneusz Malujda. 

Obecnie Instytut posiada cztery pracownie: Pracownię Podstaw Konstrukcji Maszyn, której kierownikiem jest dr hab. inż. Krzysztof Talaśka, prof. PP, Pracownię Komputerowego Wspomagania Projektowania, której kierownikiem jest dr hab. inż. Piotr Krawiec, Prof. PP, Pracownię Systemów Generowania Energii i Napędu, której kierownikiem jest dr hab. inż. Jarosław Markowski, prof. PP, oraz Pracownię Projektowania Pojazdów, Maszyn Rolniczych i Leśnych, której kierownikiem jest dr hab. inż. Grzegorz Ślaski. Dyrektorem Instytutu jest dr hab. inż. Krzysztof Talaśka, prof. PP.